Yoda revient comme une version plus jeune de lui-même dans la trilogie prequel commençant par la menace fantôme. Le film a marqué la dernière fois que oz dépeint le personnage comme une marionnette, jusqu`à la sortie de The Last Jedi (2017). Cependant, dans la version Blu-Ray 2011 de The Phantom menace, la marionnette Yoda a été remplacée par un caractère CGI pour correspondre à la représentation ultérieure du personnage [16]. Dans le film, qui est fixé 35 ans avant l`Empire frappe en arrière, maître Jedi qui-Gon Jinn (Liam Neeson) amène le jeune Anakin Skywalker (Jake Lloyd) au Conseil Jedi. Qui-Gon est convaincu qu`Anakin est le «élu» de la prophétie Jedi qui apportera un équilibre à la force, et demande au garçon d`être formé comme un Jedi. Yoda sent une grande crainte dans Anakin, surtout en ce qui concerne son attachement à sa mère, et prévoit un «grave danger» dans sa formation. Le Conseil, dirigé à l`époque par l`ancien Padawan de Yoda, Mace Windu (Samuel L. Jackson), rejette la demande de qui-Gon. Quand qui-Gon est mortellement blessé dans un duel avec le Seigneur Sith Darth Maul (joué par Ray Park et exprimé par Peter Serafinowicz), sa demande mourante à son Padawan Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) est qu`Anakin être formé comme un Jedi. Obi-Wan, déterminé à honorer sa promesse à son maître, dit à Yoda qu`il va former le garçon, même sans l`approbation du Conseil.

Yoda fait d`Obi-Wan un Chevalier Jedi, et donne à contrecœur sa bénédiction à la formation d`Anakin. Yoda apparaîtra dans Star Wars: Episode IX. pour former Luke Skywalker après la mort d`Obi Wan dans le réveil de la force, mis 30 ans après le retour des Jedi, la voix de Yoda est entendue par le jeune charognard Rey (Daisy Ridley) après avoir découvert le sabre laser de Luke Skywalker. Palpatine transforme ensuite la République en l`Empire galactique tyrannique, se proclamant empereur à vie, et ordonne aux soldats clones de tuer leurs généraux Jedi [19]. À cette époque, Yoda est sur Kashyyyk, surveillant la bataille entre les forces séparatistes et un commandement combiné des clones et des Wookiees. Grâce à la force, Yoda ressent la mort de chacun des Jedi comme ils sont assassinés par leurs propres troupes.